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In der Reformationszeit wurde zwischen 1580 und 1594 die spätgotische Kirche in Münklingen errichtet, die durch einen achteckigen Spitzturm und einen spitzbogigen Chor mit dreiseitigem Schluss gekennzeichnet ist.
Die Reformation brachte für Münklingen bedeutende kirchengeschichtliche Veränderungen. Im 16. Jahrhundert wurde der Ort unter Herzog Eberhard zunächst württembergisch und nach 1534 unter Herzog Ulrich evangelisch. Der Brauch der Jakobuswallfahrten erlosch und die alte Jakobuskirche verlor einen wesentlichen Teil ihrer Funktionen.
Nachdem Herzog Ulrich die Reformation in Württemberg eingeführt hatte, setzte sein Sohn Christoph das Werk seines Vaters fort. Er ließ die stark mit dem katholischen Brauchtum verbundenen Feld- und Wallfahrtskirchen abreißen und durch Dorfkirchen ersetzen. Die Jakobskirche in Münklingen durfte jedoch als Friedhofskapelle für Leichenpredigten bestehen bleiben. Obwohl sie ihre ursprüngliche Funktion als Kirche verloren hatte und nur noch eine untergeordnete Rolle spielte, blieb sie noch einige Zeit erhalten – das genaue Abbruchdatum ist nicht bekannt. Man vermutet, dass das spätgotische Fischblasenfenster über dem Westeingang der Dorfkirche von der alten Kirche übernommen wurde, wie auch die Glocke aus dem 14. Jahrhundert.
Im Zusammenhang mit Recherchen zur Baugeschichte der alten Dorfkirche entdeckte der Ortspfarrer 1968 im Staatsarchiv Ludwigsburg vier alte Urkunden aus dem 16 Jahrhundert. Sie enthalten interessante Informationen über die damalige Verlegung der Münklinger Kirche vom Berg hinunter ins Dorf:
Es waren die Münklinger selbst, die unter Herzog Ludwig 1580 die Initiative ergriffen und darum baten, den angeregten Kirchenbau im Dorf zu verwirklichen. Es dauerte noch 14 Jahre, bis 1594 der Bau der Dorfkirche vollendet war. An der Außenwand über dem Hauptportal ist noch heute das Wappen des damaligen Herzogs von Württemberg zu sehen.
Bei der Renovierung 1967/68 konnten eindrucksvolle Fresken (Vogtswappen und Aposteldarstellungen) und Wandmalereien (Taufe und Abendmahl Jesu, Jüngstes Gericht) freigelegt und restauriert werden.